Entre 2006 y 2014 dirigió el Centro de Estudios del Cobre y la Minería (CESCO). Previamente fue Director de Estudios de la Comisión Chilena del Cobre (Cochilco). El Sr. Guajardo trabajó también como economista del Grupo Internacional de Estudios del Cobre.
Además es miembro del Comité de Expertos del Precio del Cobre convocado anualmente por el Ministerio de Hacienda para determinar los parámetros con que se construye el presupuesto nacional de Chile; del Comité de Asuntos Internacionales del PDAC; así como gestor de la construcción del evento Asia Copper Week, el mayor evento mundial del cobre en Asia y uno de los más grandes del mundo desde 2012.
El Sr. Guajardo es doctor en Economía Internacional y Desarrollo de la Universidad Complutense de Madrid, España. Fue el mejor egresado de la carrera de Ingeniería Comercial de la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso, teniendo además un Diploma de Estudios Avanzados en Economía de la Universidad Complutense de Madrid, España y en el Programa Internacional Avanzado de Minería y el Medioambiente de la Universidad de Luleä, Suecia.
Juan Carlos Guajardo mantiene presencia permanente en medios de prensa nacionales e internacionales sobre asuntos mineros.